MT3.11jaでは標準設定のままだと個別エントリーアーカイブがエントリーした月ごとのディレクトリに保存されます。

これをカテゴリーごとの場所に保存したい場合は、
設定　/　アーカイブの設定の個別エントリーアーカイブの「アーカイブ・ファイルのテンプレート」の部分に

<MTHasParentCategory><MTParentCategories glue="/" exclude_current="1"><MTCategoryLabel dirify="1"></MTParentCategories>/</MTHasParentCategory><$MTEntryCategory dirify="1"$>/<$MTEntryID pad="1"$>.html